牡丹江醫學院由1946年始建的牡丹江專區醫院、1956年始建的黑龍江省衛生干部進修學校于1958年共同創建，是黑龍江省東南部地區唯一一所省屬普通本科醫藥院校,著名歷史學家郭沫若先生題寫了校名。
1997年一次性通過教育部本科教學合格評價。2006年在教育部本科教學水平評估中，專家組給予了優秀評價，全國評價為良好。2010年被列為黑龍江省特色應用型本科高校建設單位。2012年被評為全國首批卓越醫生教育培訓計劃項目試點高校。2013年獲得碩士學位授予權。2015年，被授予“全國文明單位”稱號，在教育部臨床醫學專業認證中獲得了6年有效期，居地方醫學院校領先水平。2016年，在國家本科教學審核評估中獲得專家組高度評價。