吉林醫藥學院1952年建校,前身為中國人民解放軍第四軍醫大學吉林軍醫學院。2004年8月,學校由軍隊整體移交吉林省,成為省屬公辦高等學校,現為吉林省惟一獨立設置的西醫本科院校。2013年通過教育部本科教學工作合格評估,2017年通過教育部臨床醫學專業認證,有效期6年。學校現為吉林省碩士學位授權單位立項建設A類高校。
學校現有19個黨政機關、3個群團組織、14個教學單位、5個教輔單位、1個省級科技協同創新中心;2所附屬醫院(第一臨床醫學院附屬四六五醫院、第二臨床醫學院附屬梅河口市