吉林醫(yī)藥學院1952年建校，前身為中國人民解放軍第四軍醫(yī)大學吉林軍醫(yī)學院。2004年8月，學校由軍隊整體移交吉林省，成為省屬公辦高等學校，現(xiàn)為吉林省惟一獨立設置的西醫(yī)本科院校。2013年通過教育部本科教學工作合格評估，2017年通過教育部臨床醫(yī)學專業(yè)認證，有效期6年。學校現(xiàn)為吉林省碩士學位授權單位立項建設A類高校。
學校現(xiàn)有19個黨政機關、3個群團組織、14個教學單位、5個教輔單位、1個省級科技協(xié)同創(chuàng)新中心;2所附屬醫(yī)院(第一臨床醫(yī)學院附屬四六五醫(yī)院、第二臨床醫(yī)學院附屬梅河口市